复现nature

这篇NC文章的figureS2展现的是样本的信息图,官方的说法是样本时间序列图,很多临床样本在SCI文章中的展示都是采用这种形式。但是这个图并不仅仅可以用于临床样本的展示,在实践中,做动物的,不同时间点做处理的也可以考虑这样做,重点是自己动脑子。

那么如何实现这个图呢?我们看本质,这个图的本质是柱状图,所以从这里入手,再修饰。画图还是用ggplot2。

由于文章中没有提供具体数据,所以我自己虚构了数据,主要是为了演示。

setwd("D:/生物信息学")A-read.csv("A.csv",header=T)library(ggplot2)library(paletteer)

首先,画基本柱状图,将两部分柱状图画出来!

p-ggplot(A,aes(x=end,y=Sample,fill=stage))+geom_bar(stat="identity",position="stack")+scale_fill_manual(values=c("#FF","#CC"))+labs(title="Asymptomatic",y="",x="Time(Days)")+theme(panel.background=element_blank())+theme(axis.line=element_line(colour="black",size=0.5))p

之后,再用geom_point将点加入到柱状图上!

p1-p+geom_point(aes(x=mRNA,y=Sample),color="#3da",size=3.5,shape=21,stroke=2,fill="yellow")geom_point(aes(x=protein,y=Sample),color="red",size=3.5,shape=24,stroke=2,fill="grey")p1

但是做到这里这个图形还是与文章不同,好像是坐标轴和字体,我们进行修改下,将y轴靠近柱状图,最终效果如下。

p2-p1+theme(axis.title=element_text(face="bold"),plot.title=element_text(face="bold"),legend.title=element_text(face="bold"))+scale_x_continuous(limits=c(0,60),expand=c(0,0))+theme(axis.text.x=element_text(size=10))+theme(axis.text.y=element_text(size=12))p2

最终有一个问题没有解决,那就是legend,不能像文章中那样,点和柱状图分开,目前只能手动修饰,不知道有么有好的办法,欢迎提供建议!!!

最后,我想升华下本章的内容,第一是R画图点的形状复习,这是最基本的,但是小编在操作中有些忘记了,所以翻了书本,先将其截图记忆一下!

第二,我发现年的cell文章主图中也有这种图,可见这种题的常用性。可以模拟这篇文章的数据将这个内容学习一遍,深入理解!

最后,制作不易,想要获取示例数据学习的小伙伴,打赏并截图,联系作者可以获取数据以及详细的代码注释!!!

TS的美梦

感谢对小编的支持!!!




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